بقائی پس از بهائی شدن، محرومیتهایش آغاز شد. ابتدا از روضهخوانی او را منع کردند و یک مجتهد ساکن در نجف فتوای قتل او را داد. بقایی هم به دیدن شخصی که مامور اجرای فتوا بود رفت.
